BLANCO
-> П
Поиск по тегу "javascript"
« 1 2
.mitohg
В mitohg я использую стороннюю программу для выравнивания последовательностей: MUSCLE. Она очень и очень часто используется в научных работах и распространяется абсолютно свободно. Но всё-таки мне хочется реализовать выравнивание последовательностей самому и так, чтобы оно работало быстрее.
 
Пример выравнивания:

 
Думаю, идея ясна: на входе две последовательности; на выходе - они же, но сдвинуты и "разорваны" так, чтобы совпадало как можно большее число букв. Самая нижняя строчка - это карта выравнивания. Показывает, где совпало, где есть мутация (замена символа), а где делеция (не хватает символа).
 
Пока я повторил алгоритм Нидлмана-Вунша, но на моих последовательностях длиной ~17kb работает он довольно медленно.
 
Если у вас есть идеи - буду рад их услышать Smile
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 0 [ +1 ]
.mitohg
Очередное продолжение истории про mitohg Smile
По всей России проходят конкурсы УМНИК. Я тоже решил поучаствовать в секции "Информационные технологии".
 
В этот раз конкурс проходил в три этапа: 1) отборочный (когда ты готовишь заявку и подаешь её по интернету); 2) полуфинал (выступление перед экспертами и другими участниками); 3) финал (тоже самое, что и полуфинал, для прошедших предыдущий этап).
Мне сложно оценить количество участников на нашей секции. Но, думаю, где-то в районе 40 человек дошло до полуфинала. Из них в финал перешло 12 участников, в котором определили 5 победителей.
 
Смысл участвовать есть, так как победитель получает финансирование в размере 400 000р в течение двух лет (по 200k в год, соответственно). Я победил Smile
В добавок к деньгам подарили сертификат на консультацию и помощь в оформлении патента (в моем случае на разрабатываемое ПО).
 
В общем, очень рекомендую участвовать вам в будущих конкурсах, если у вас есть интересные проекты ;)
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 6 [ +3 ]
.docker
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 9 [ +4 ]
.nodejs
Так как много программирую на JavaScript, радуюсь выходу новой версии Node.js (v4.0.0) и тому как развиваются события в целом (поддержка IBM, слияние с io.js, принятие ES6 и так далее). Подумываю внести свой вклад в развитие nodejs - перевести пару уроков на NodeScool.
 
А уже завтра будет видео, которое мы подготовили с Лёшей. Про докер Smile
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 0 [ +2 ]
.genetic_atlas
Давно не было новостей про атлас. Немного переписал код и избавился от redis, так как одного elasticsearch достаточно. Прикрутил дизайн, который написал vojjd. Прикрутил свою реализацию f3-статистики (пока ту, которая на js, а не на c++/CUDA - эту еще пишу). В общем, всё как обычно - двигается, но медленно.
 
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 6 [ +3 ]
.js.d3("let's make a bar chart", 2)
Давайте построим гистограмму, II
 
В предыдущей части этого урока показана основа создания гистограммы в HTML. В этой части мы расширим наш пример используя масштабируемую векторную графику (Scalable Vector Graphics, SVG) и сделаем его более реалистичным, позволяя загружать данные из внешнего файла в TSV формате (TSV – значения, разделенные табуляцией).
 
Под катом перевод второй части статьи Let’s Make a Bar Chart, взятой отсюда.
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 0 [ +1 ]
.js.d3("let's make a bar chart")
Давайте построим гистограмму
 
Гистограмма – это простой, но вместе с тем лёгкий для правильного восприятия, способ для представления данных. Этот вводный урок покажет как построить гистограмму при помощи библиотеки D3 для JavaScript. Для начала мы сделаем простой вариант на HTML, а затем, более продвинутый в виде масштабируемой векторной графики (Scalable Vector Graphics, SVG).
 
Этот урок предполагает, что вы немного знакомы с веб-разработкой: знаете как редактировать и просматривать страницы в браузере, как подключить d3.js к веб-странице и всякое такое. Возможно, вы захотите сделать форк этого проекта из заготовки на CodePen, чтобы вам было проще начать.
 
Под катом перевод первой части статьи Let's Make a Bar Chart.
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 1 [ +2 ]
.ohg
Написал для лабораторных нужд программу для определения гаплогруппы митохондриального генома.
Если описать задачу человеческим языком, то у нас есть текстовая последовательность длиной около 17кб, которую мы считаем образцом и другая последовательность примерно такого же размера, чью гаплогруппу мы хотим определить.
Чтобы определить гаплогруппу нужно сравнить эти последовательности и узнать различия между ними. Зная эти различия нужно найти, куда они попадают на сайте phylotree - там находится огромное филогенетическое дерево (древовидный граф), в котором около 5000 гаплогрупп.
Парсить это огромное дерево было весело Smile Очень подружился с регулярными выражениями - прям зауважал их.
 

Автор: stasundr | O-- | .мыслей 2 [ +2 ]
.codeschool
Закончил все 3 части JavaScript Road Trip на Code School. Я пребываю в полном восторге! Тем, кто с js раньше не был знаком тоже рекомендую Smile И уже начал следующий курс - JavaScript Best Practices (следующий по плану будет Try jQuery).
 
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 3 [ 0 ]