BLANCO
-> П
Поиск по тегу "js"
.wat
Короткая речь про современные языки программирования. Это просто нужно видеть Lol
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 7 [ +3 ]
.mitohg
Продолжая историю об ohg, которую для благозвучности я переименовал в mitohg.
 
Моя программа "победила" программу Ника по точности определения митохондриальных гаплогрупп. В первую очередь, это связано с тем, что у Ника (haplotree) используется устаревшая номенклатура, которой полтора года. Была еще третья программа из другой лаборатории (HaploGrep) - у нее совершенно другой принцип работы, но результаты с mitohg совпадают практически полностью. В итоге, для статьи выбрали именно mitohg. Приятно Smile Хотя немного переживаю, что прога еще сырая и там могут встречаться ошибки. Можно будет вздохнуть спокойно, когда статья пройдет рецензию.
 
Теперь хочу написать модуль, который будет по мтДНК строить красивые (именно красивые, чтобы можно было в публикациях использовать) филогенетические деревья. Опять же, все через js Smile
 
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 1 [ +4 ]
.genetic_atlas
В качестве источника "мета данных" (описание образцов: географическое расположение, популяция, пол и куча других) у меня обычные огроменные экселевские таблицы.
 
Для разных выборок эти таблицы имеют разный формат, разные колонки, и предначены они для людей. А нужно скормить всё это серверу в удобоваримом виде. Немного повоевал с регулярными выражениями, в итоге все-таки сплавил в redis и elastic-search пачку данных генотипирования - это около 2000 образцов (до этого были данные о полных геномах, там было около 300 образцов). И теперь, когда данные "внутри", пора заняться непосредственно поиском по ним.
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 0 [ +2 ]
.genetic_atlas
Продолжаю пилить атлас. Уже можно выбирать отдельные образцы из группы. Начал делать поиск с elasticsearch'ем.
 
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 1 [ +3 ]
.genetic_atlas
Раз кластерер кластирует, а парсер парсирует, то значит пришла пора подумать о реализации поиска среди образцов и их сортировке по возрасту и прочим параметрам. Здесь, видимо, нам понадобится elasticsearch.
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 7 [ +2 ]
.genetic_atlas
Присобачил к генетическому атласу MarkerClustererPlus Happy Теперь нужно написать небольшой парсер списка образцов, чтобы импортировать его в Redis и все эти образцы можно было наблюдать на карте.
 
Еще нашел описание реализации дуг между точками на карте - необходимая штука для изображения результатов ALDER (такой вид анализа генетического родства). Но сначала парсер.
 
update: написал парсер для первой коллекции образцов Smile
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 0 [ +3 ]
.lhmg-expeditions
Записал на видео процесс разработки lhmg-expeditions Smile Ускорил видео примерно в 5 раз, потому что иногда просто зависал и втыкал в экран. За неимением опыта программирую очень медленно.
 

Чтобы посмотреть на результат можно отмотать на самый конец (секунд за 30 до окончания).
 
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 6 [ +2 ]
.git
Продолжаю свои попытки подружиться с jQuery, Redis и Node.js Smile Попутно поражаюсь факту, что сейчас можно написать (пускай и примитивный) клиент-сервер в 100 строк кода. До чего техника дошла Happy
 
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 2 [ +1 ]
.webstorm
Немного приболел, совсем мало кодил. Сейчас уже лучше. Думаю, в ближайшие пару дней покажу, что получилось. Наконец, начал пользоваться гитхабом и променял sublime text на webstorm (тоже по совету Лёши, за что ему спасибо).
 
Кстати, на webstorm очень легко получить бесплатную лицензию, чему я был несказанно рад Smile
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 0 [ +1 ]