BLANCO
-> П
.mitohg
В mitohg я использую стороннюю программу для выравнивания последовательностей: MUSCLE. Она очень и очень часто используется в научных работах и распространяется абсолютно свободно. Но всё-таки мне хочется реализовать выравнивание последовательностей самому и так, чтобы оно работало быстрее.
 
Пример выравнивания:

 
Думаю, идея ясна: на входе две последовательности; на выходе - они же, но сдвинуты и "разорваны" так, чтобы совпадало как можно большее число букв. Самая нижняя строчка - это карта выравнивания. Показывает, где совпало, где есть мутация (замена символа), а где делеция (не хватает символа).
 
Пока я повторил алгоритм Нидлмана-Вунша, но на моих последовательностях длиной ~17kb работает он довольно медленно.
 
Если у вас есть идеи - буду рад их услышать Smile
Автор: stasundr [2016-03-22 16:15:26] [ +1 ]
Теги: mitohg, javascript
Всего комментариев: 0