BLANCO
-> П
« 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...24 25 »
.boston
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 3 [ +3 ]
.ohg
Если помните, я писал про программу http://stasundr.name/?id_news=191, по определению гаплогруппы митохондриальной ДНК. В том случае у меня были полные митогеномы (по ~16570 букв). Теперь передо мной стоит задача оптимизировать эту прогу для определения гаплогрупп у образцов древней ДНК. Теперь (в зависимости от состояния образца) я получаю либо одну целую последовательность (редко), либо несколько фрагментов этой последовательности из большого количества коротких фрагментов (обычно, несколько десятков тысяч последовательностей по ~50 букв). То есть все становится сложнее и интереснее Smile
Из-за того, что пробелы в последовательностях могут быть в очень важных местах, часто бывает невозможно точно определить гаплогруппу. В таком случае, ее нужно научиться предсказывать.
 
Update: ребята, вот это поворот! Оказывается, кроме меня, над созданием такой программы работал Nick Patterson - крайне интересная личность, учитывая, что до работы в области популяционной генетики, он работал на британское и американское правительство и взламывал какие-то там шифры (пруф). Скоро мы сравним наши алгоритмы в работе Happy Вот такая интрига %)
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 3 [ +2 ]
.ads
Ребята, поделитесь мыслями: как вы относитесь к росту количества рекламы везде (мобильные приложения twitter, vk, "freemium"-приложения и тд)? Мешает, не мешает, просто адблочите на уровне мозга или как-то боритесь с ней?
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 14 [ +1 ]
.nodejs
Посмотрел хорошую лекцию про буферы и потоки в nodejs. Забавно постфактум наткнуться на объяснение того, как мне удалось так увеличить эффективность работы алгоритма. Если в двух словах, то Тревор рассказывает, что если вы не указываете кодировку для вашего буфера/потока, то при использовании метода toString() происходит (как минимум) две операции копирования данных в памяти, что крайне ресурсоёмко. Если же кодировку указать, то можно манипулировать данными напрямую. Сами понимаете, что если вся суть программы выполнять манипуляции над потоками данных, то и влияние на производительность огромное. Сейчас, по моим ощущениям, все упирается в скорость чтения/записи на ssd Smile
Еще он демонстрирует очень крутой метод как связывать c++ и js код. Очень хочу попробовать теперь что-нибудь на с++ написать и присобачить к js Smile
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 7 [ +1 ]
.i5
При исследовании популяционных взаимодействий случайно наткнулись на один потенциально занимательный феномен. Чтобы исследовать его я написал небольшую прогу на js на той базе данных, которую уже описывал (~6500 человек по ~630 000 SNP на каждого).
После небольшой фильтрации образцов из ~6500 осталось 5664 штуки. Прогу запускал на своем ноуте (хотел сначала немного протестировать перед загрузкой на кластер). В итоге ноут обсчитал все сам на своем скромном 1.7Ghz процессоре Happy Вы бы видели как у меня лицо вытянулось, когда я отошел налить попить и сделать бутерброд, вернулся, а он уже все посчитал xD Сижу теперь с довольной мордой и пишу этот пост Smile
 
Всем эффективных алгоритмов, посоны!
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 7 [ +2 ]
.boston
Сегодня в Америке выходной день, потому что завтрашний день независимости выпал на субботу. Была очень хорошая погода, поэтому я немного послонялся по округе. Если закончу сегодня важную часть работы, то завтра тоже буду гулять (наверное, даже фотоотчет небольшой сделаю). А пока держите фото индейца Smile
 
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 0 [ +2 ]
.ночькатать
Последнее время очень увлекаюсь катанием на лонгборде. Катаю всегда и везде. От дома до метро, от метро до работы, обратно. Просто по питеру, на дворцовой площади.
Участвовал в ночном заезде #ночькатать с ребятами из Питерской движухи "POREBRIK Longboard". Проехали около 20 км по Питеру (Карта маршрута). Было очень здорово.
 

Под лупой небольшой фотоотчёт ночькатать Nya
Автор: Йакуд | O-- | .мыслей 6 [ +2 ]
.boston
В Бостоне очень много животных: кролики, еноты, белки, бурундуки, много разных птиц. Пока у меня есть пара плохих фотографий кроликов и вот эти канадские гуси (очень здоровые, к слову, и людей совсем не боятся).
 
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 0 [ +3 ]
.lecture(yandex)
Наткнулся на хабре на лекцию полугодичной давности по математике больших данных. Очень интересная. Если имеется свободное время, очень рекомендую посмотреть. Надеюсь, у меня найдется время поразбираться с этим по-ближе, потому что я уже больше года хожу вокруг, да около байесовской статистики.
 
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 5 [ +2 ]
.boston
Место моего проживания. Цены на жилье здесь достаточно высокие. Например, я плачу за свою комнату 820$ в месяц (с учетом коммунальных услуг, включая интернет). То есть за трехкомнатную квартиру ~2400$ - вполне себе хорошие деньги (передаю своему родному институту, который не дал мне и копейки в дорогу, большой привет). Сосед говорит, что цена такая из-за близости к метро и центру Бостона в целом. Подальше можно найти дешевле (в районе 600$/месяц, например), но там уже нужна машина.
 

Для ориентировки, скажу вам еще немного по ценам: проезд на автобусе мне обходится в 1.20$, но с июля хочу купить проездной за 50$/месяц. Большая пицца стоит 14$ (от 10 до 19 в зависимости от начинки). Литровая бутылка апельсинового сока 3$. В столовой я ем ~8$ - это, как правило, коробка "organic food" - "здоровой" пищи, которую ты набираешь на вес + полулитровая бутылка сока за 2$ + небольшой батончик за 2.50$, вроде шоколадки, только не такой сладкий как, например, сникерс. Дорого это, нормально или дешево - решайте сами.
Конечно, можно покупать продукты и готовить еду самому, тогда в теории выйдет дешевле. Но здесь фасовка по ценам очень неравномерная (см. пример с соком), то есть чтобы было выгодно нужно покупать большие объемы, а значит нужно успевать съедать их до того, как они испортятся. Я работаю по 11-12 часов в день, так что мне проще покупать готовое Smile
 
Вообще, хочу написать небольшой пост про быт рядовых американцев. Особенно для тех, кто подумывает о том, чтобы переехать в Европу или Америку Smile
Автор: stasundr | O-- | .мыслей 0 [ +2 ]